Родился в 1965 году в селе Ведено Веденского района Республики Чечни. Называл себя гражданином Чеченской республики Ичкерия.
В 1982 году окончил среднюю школу.
Проходил срочную службу в Военно-воздушных силах СССР.
Три раза поступал на юридический факультет Московского государственного университета (МГУ), но не проходил по итогам конкурсных экзаменов.
В 1987 году поступил в Московский институт инженеров землеустройства. В 1988 году был отчислен со второго курса за неуспеваемость.
До 1991 года работал в Москве. В начале 1991 года вступил в войска Конфедерации народов Кавказа (КНК). В августе 1991 года принимал участие в обороне Белого дома.
В октябре 1991 года выдвигал свою кандитатуру на пост президента республики Чечни.
9 ноября 1991 года участвовал в угоне пассажирского самолета Ту-154 из аэропорта Минеральные Воды в Турцию. В Турции захватчики сдались местным властям и после переговоров добились переправки в Чечню.
В 1992 году был назначен командующим войсками Конфедерации народов Кавказа. С августа 1992 года принимал активное участие в военных действиях в Абхазии. Был командующим Гагринским фронтом и заместителем министра обороны Абхазии. Командовал отрядом чеченских добровольцев, в последствии получившим название "Абхазский батальон".
Летом 1994 года с началом гражданской войны в Чечне Басаев вступил в боевые действия на стороне Джохара Дудаева. 14 июня 1995 года под руководством Шамиля Басаева был совершен захват больницы с заложниками в Буденновске. После этого Генпрокуратура возбудила против Шамиля Басаева уголовное дело. ФСК объявило всероссийский розыск, но арестован Басаев так и не был.
Летом - осенью 1995 года Басаев неоднократно угрожал правительству России новыми террористическими актами на территории РФ, в случае если не будут прекращены боевые действия и свернуты переговоры.
В конце апреля 1996 года, после смерти Джохара Дудаева, Шамиль Басаев на совещании полевых командиров был избран командующим боевыми формированиями Чеченской республики Ичкерия.
В августе 1996 года отряд боевиков численностью порядка трех тысяч человек под руководством Басаева захватил город Грозный. По данным на тот момент, Басаев имел девять ранений и семь контузий.
27 января 1997 года на выборах президента Чеченской республики занял второе рейтинговое место, проиграв Аслану Масхадову.
В 1998 году возглавил Федерацию футбола Чечни.
В июле 1998 года назначен заместителем главнокомандующего вооруженных сил Чеченской республики.
В сентябре 1999 года по указанию главарей бандформирований Басаева и Хаттаба были совершены взрывы домов в Москве и Волгодонске, в результате которых погибли более 240 человек.
В сентябре 1999 года бандформирования под предводительством Шамиля Басаева и поддерживающих его чеченских полевых командиров вторглись на территорию Дагестана.
В октябре 2000 года заявил о готовности отправить на Ближний Восток 150 своих бойцов.
В марте 2001 года в связи с похищением американца Кеннета Глака, Басаев сообщил, что это была "самодеятельность" некоторых моджахедов, и просил Глака "не давать никому никакой информации, которая может нанести вред вашим невольным похитителям".
По данным регионального штаба по проведению чеченской операции, Басаев до мая 2001 года базировался в селе Дуиси Ахметского района Грузии.
23 октября 2002 года в Театральном центре на Дубровке по указанию Басаева отрядом террористов под руководством Мовсара Бараева были взяты в заложники все находившиеся в здании зрители и актеры - всего более 800 человек. В ходе проведенной 26 октября операции по освобождению заложников все террористы - 32 мужчины и 18 женщин - были уничтожены. Погибли и позже скончались в больницах 128 человек из числа заложников
27 декабря 2002 года Басаев причастен к взрыву Дома правительства Чечни, в результате которого погибли 80 и получили ранения около 210 человек.
С 1 по 3 сентября 2004 года в результате теракта в школе № 1 в Беслане погибли более 330 человек. Организаторами этого теракта были Аслан Масхадов и Шамиль Басаев.
Басаев объявлен во всероссийский и международный розыск, включен Совбезом ООН в список лиц, причастных к террористической деятельности.
По информации спецслужб, Басаев стоял за самыми крупными терактами в России, в том числе за терактом в Беслане и убийством президента Чечни Ахмадом Кадыровым.
Президент Чечни Ахмад Кадыров погиб 9 мая 2004 года в результате теракта в Грозном. Басаев публично взял на себя ответственность за это преступление.
Информация об уничтожении террориста появлялась неоднократно.
Летом 1995 года в СМИ сообщалось о гибели родителей и семьи Басаева при артиллерийском обстреле села Ведено (в действительности погиб лишь один из его братьев).
В мае 2000 года появилась информация о смерти Басаева, однако вскоре стало известно, что он жив, но в результате ранения потерял ногу.
В апреле 2002 года начальник Генерального штаба Анатолий Квашнин заявил об уничтожении Басаева, однако и эта информация не подтвердилась.
ФСБ России в 2004 году объявила вознаграждение в размере 300 миллионов рублей за достоверную информацию о местонахождении Масхадова и Басаева.
Масхадов был уничтожен 8 марта прошлого года в селении Толстой-Юрт в Чечне результате спецоперации ФСБ РФ. Вскоре ФСБ РФ выплатила $10 миллионов за информацию, которая позволила обнаружить и ликвидировать лидера чеченских сепаратистов.
Однако спецслужбы в июле 2006 года провели эффективную контртерроритическую операцию, взяв Басаева в кольцо. Опасный теророрист вместе с десятью сообщниками был взорван в автомобиле. Труп Басаева был идентифицирован, что свидетельсвтовало об уничтожении страшного преступника.
По материалам rian/" РИА «Новости»